Methode
GeoGen startet bewusst mit Metadaten: Fundindividuum, Ort, Datierung, Quelle und Qualitätsfelder. Genotypdaten werden für spätere Marker- und Score-Analysen vorbereitet, aber nicht für die erste Kartenansicht vorausgesetzt.
Das Primärobjekt ist nicht eine autosomale Großgruppe, sondern ein einzelnes publiziertes Individuum in Raum, Zeit und Quellenkontext. Labels wie WHG, EHG oder Yamnaya können später als zitierte Metadaten erscheinen, sind aber nicht das Datenmodell.
Zeitfilter
Der aktuelle Filter nutzt den Mittelpunkt der publizierten Datierung. Ein Individuum wird angezeigt, wenn sein Datierungs-Mittelpunkt im gewählten Zeitfenster liegt. Das vermeidet eine scheinbare Präzision durch reine Intervallüberlappung.
Die Zeitleiste verläuft von links nach rechts aus der Vergangenheit in Richtung Gegenwart: links 45.000 BCE, rechts moderne Referenzen. Ältere AADR-Zeilen bleiben im Importbericht sichtbar, werden aber in der interaktiven Zeitansicht nicht angezeigt.
Zeitgleichheit ist der methodische Ausgangspunkt. Vergleiche über sehr lange Zeiträume können Drift, Selektion, Migration, Sampling-Bias und zeitliche Struktur vermischen; deshalb zeigt GeoGen zunächst kleine Zeitfenster statt globaler Dauervergleiche.
Kartendarstellung
Die Karte zeigt einzelne Fundpunkte ohne visuelle Cluster. Überlagerte Punkte bleiben als einzelne Individuen im Datensatz erhalten und werden beim Heranzoomen mit Hover-Popup sichtbar.
Die Seitenleiste filtert die sichtbare Stichprobe nach Zeitfenster, Land, Publikation, Assessment, Mindest-Coverage, Datentyp und freier Suche über Sample-ID, Ort, Region und Quellenfelder. Der Export schreibt nur die aktuell sichtbare Auswahl als CSV.
Moderne AADR-Referenzen sind methodisch keine archäologischen Ancient-DNA-Funde. Sie sind deshalb in der Karte filterbar und im Standardfilter ausgeblendet.
Europa-Auswahl
Der Import filtert primär nach heutigen europäischen Ländern, schließt Ukraine ein und nutzt zusätzlich eine grobe Bounding Box: Breite 34.0 bis 72.5, Länge -25.0 bis 45.0. Angrenzende Vergleichsräume wie Kaukasus, Anatolien und Westasien können später als eigene Importprofile ergänzt werden.
Qualität
Coverage, SNP-Anzahl, Assessment, Assessment-Warnungen und Datierungsunsicherheit werden als Metadaten importiert, sofern AADR sie bereitstellt. Fehlende Felder werden nicht ersetzt und nicht als Negativbefund interpretiert.
Für spätere Markeransichten gilt: Coverage und SNP-Anzahl ersetzen keinen direkt beobachteten Marker-Call. Missingness wird sichtbar gemacht, aber nicht aufgefüllt und nicht als biologische Aussage gewertet.
Laktaseansicht
Die erste Analyseansicht zeigt Laktasepersistenz vorsichtig über den europäischen Hauptmarker `rs4988235`. Grün bedeutet, dass ein LP-Allel direkt beobachtet wurde; blau bedeutet, dass der Marker beobachtet wurde, aber kein LP-Allel trägt; grau bedeutet, dass der Marker fehlt. Grau ist kein Negativbefund.
Die Flächenansicht wird dynamisch aus den aktuell gefilterten Fundpunkten berechnet: harte einfarbige Grenzen, Landmaskierung und keine Farbverläufe. Positive LP-Rohcalls erhalten einen lokalen Mindest-Einflussbereich, damit frühe Einzelbelege nicht von vielen Negativbefunden verschluckt werden. Sie ist keine berechnete Allelfrequenzfläche und ersetzt nicht die Fundpunkte. Der Marker auf der Zeitachse zeigt den frühesten beobachteten `rs4988235`-LP-Rohcall im aktuellen Alpha-Datensatz.
Liegen mehrere Individuen exakt auf denselben Koordinaten, werden die Punkte nur in der Kartenansicht leicht auseinandergeschoben. Popup, Detailseite und Export behalten die publizierten Originalkoordinaten.
Weitere Laktasevarianten aus afrikanischen oder mittelostlichen Kontexten sind dokumentiert, werden aber in dieser ersten Europa-Ansicht noch nicht in die Farbe eingerechnet.
Haarpigmentierung
Die nächste vorbereitete Merkmalsansicht ist Haarpigmentierung mit Fokus auf blonde Haare. Sie startet mit dem HIrisPlex-Haarmarker-Set und einer Prüfung, welche Marker im AADR-v66-1240K-Panel direkt vorhanden sind.
Für diese Ansicht gilt ausdrücklich: Kein Blondsignal ist kein Dunkelhaarsignal. Dunkle Haare werden nur ausgegeben, wenn direkt beobachtete Marker oder ein dokumentiertes Modell ein Dunkelhaarsignal stützen. Fehlende, unvollständige oder nicht ausreichend informative Calls bleiben unbekannt und werden nicht ex silentio umgedeutet.